한국원자력의학원 50년사는 크게 본문과 부록으로 구성했다. 본문은 50년 역사를 서술한 통사와 단별 현황을 기록한 부문사로 구분했다. 부록은 중요도에 따라 1,742 항목의 연구과제 목록 등을 수록해 학문적 성과를 강조했다.